该馆占地面积6600平方米,建筑面积1200平方米。展览部分包括3个展厅。正中大殿为第一展室,面积260平方米,主要展出“二里头文化”、“尸乡沟商城遗址”,出土文物包括二里头1号宫殿复原模型、商城4号宫殿模型以及青铜器、玉器、石器、陶器共238件。第二展室展出偃师县文物工作者历年来配合基建出土的历代文物珍品,包括仰韶文化的彩陶器、汉晋文化遗物、唐三彩等250件。第三展室为临时性陈列,曾举办过《历代文物珍品展览》、《唐三彩专题展览》、《百年风云——大型图片展》、《庖厨明器及动物造型专题展览》、《“墨云轩”古今字画收藏展》、《庆“五优”书画博览会》等。该馆还与兄弟博物馆联合举办了《中国古钱币展览》、《佛教艺术展览》、《海洋珍品展览》、《古都偃师与历史名人表》等展览。同时配合洛阳市第二文物工作队发掘清理了数以千计的墓葬,主要有高龙乡辛村东汉壁画墓、南蔡庄乡东汉肥致墓、东汉姚孝经墓、城关乡北窑村的4座唐墓等。
2000年4月26日,偃师商城博物馆“夏商王都文明展览”开幕,“2·15唐恭陵被盗文物展览”和“碑刻精品展览”同时开展;“夏商王都文明展览”在偃师商城博物馆大殿举行,主要展出夏都斟鄩二里头遗址和商代灭夏后最早的都城尸乡沟西亳商城遗址历年来出土的文物。展览结合都市概况、考古研究,尤其是夏商周断代工程研究成果,以实物、模型、绘画、图表、照片等形式,从“都市形成”、“都市建设”、“都市农业经济”、“都市手工业经济”、“生活中的器具”5部分,生动地向人们展示出这两座都城的性质、规模、城池结构、文化面貌以及在中国历史上的地位。“2·15唐恭陵被盗文物展览”在西展室举行,展出了唐恭陵被盗案发生后,经公安机关追缴回来的唐恭陵哀皇后墓壁内出土的随葬品126件,如女胡俑、女侍俑及鎏金铜锁等文物珍品。商城博物馆为AAA级景点