唐天宝二载(743), 大明寺律学高僧鉴真大师应日本僧人荣睿、普照的邀请,为弘扬佛法,首次筹划东渡日本。其后历经十年艰险, 先后五次失败,终在唐天宝十二载-日天平胜宝五年(753), 东渡日本成功。鉴真大师为中日友谊开辟了新的篇章。
唐会昌三年(843), 栖灵塔遭大火焚毁。会昌五年,武宗诏令毁全国大寺四千余所、中小寺院四万余所,佛教徒称之为“会昌法难”,大明寺未能免于此难而遭毁坏。唐末吴王杨行密兴修殿宇,并更名为“秤平”。
宋景德年间,僧人可政化缘募捐。集资建塔七级,名“多宝”。真宗赐名“普惠”。寺庙自宋末历经元朝至明初沿称”大明寺”。
明天顺五年(1461),僧人智沧溟决心重建庙宇,经师徒三代经营,规模渐复;后经变乱,塔寺变为荒丘。万历年间郡守吴秀建寺复垲。崇祯年间巡漕御史杨仁愿又重建寺庙。
清康熙、乾隆二帝多次南巡维扬,寺庙不断增建,规模逐步宏大,光禄寺少卿汪应庚费力颇多,大明寺遂成为杨州八大名刹之首。雍正帝曾题联“万松月共衣 珠朗,五夜风随禅锡鸣。” 乾隆帝曾题额“蜀冈慧照”题联:“淮海奇观别开清净地,江山静对远契妙明心。”清廷因讳“大明”二字,曾沿称“栖灵寺”。乾隆三十年(1765),当高宗第四次巡游扬州时,御笔题书“敕题法净寺”(敕:皇帝号令)。其实大明二宇并非指大明王朝,而是南北朝时期,南朝宋孝武帝刘骏的年号,与大明王朝相隔千载。咸丰三年(1853),法净寺毁于太平军与清军之兵燹。同治九年(1870),盐运使方浚颐重建。
民国二十三年(1934),-中央执行委员邑人王柏龄(字茂如)一度重修寺庙。民国三十三年,大明寺住持昌泉弹师与程帧祥募集资金,由王靖和董理工程,重修庙宇佛像。1951年修建寺庙。 1957年8月,法净寺列为江苏省文物保护单位。1963年,又重修寺庙。1966年,文革浩劫时期,“-”以破四旧为名,要砸烂寺庙佛像。出于-总理的电谕,要坚决保护大明寺文物古迹。地方政府采取封闭庙宇的措施,因此寺庙才幸免于难。 1973年,鉴真纪念堂建成。1979年3月,寺庙全面维修,所有佛像贴金箔,此后至今寺内香火不断,中外宾客云集于此以祈求吉祥。1980年,为迎接鉴真大师像从日本回扬州“探亲”又将“法净寺”复名为“大明寺”。
大明寺为AAAA级景点大明寺为全国重点文物保护单位。