为了落实党和国家的宗教政策,并应各阶层人土要求,1999年经政府批准决定把禅林寺迁建于畲江公园的东山上,新址周围众山环抱,座北向南,两边操手平衡,形似大佛座坛,山前溪水绕流,犹如玉带缠腰,面朝大江,长乐江水顺来朝,远眺莲花山,山岚相叠,似片片莲瓣现眼前,是天然禅佛圣地。
2000年1月11日(1999年农历12月5日)下午,广东省佛教协会副会长著名高僧佛源大和尚率千佛塔寺住持释0大德尼、香港宝林寺衍憨法师等一行僧尼,光临禅林寺新址-时,高僧现场为禅林寺题匾,从右下笔,挥就苍劲有力的“禅。字时,整天阴沉的天空,突然出现吉祥的佛光天象,从西天射过来金澄澄、黄灿灿的阳光。当高僧题就禅林寺匾和“禅心如月、林木参天”题词后,天空又恢复了原状。
迁建后的禅林寺址,占地面积约百亩,按佛门风范结合时代特色进行规划设计,其主体布局规划,由山顶至山门依次是:五方佛塔——千手观音殿——法堂——天王殿——山门。山顶建五方佛塔,佛塔塔基1089平方米,主塔高19米,四个副塔各高6米。千手观音殿,高14米,长40米,宽22米;两侧副殿各高10米,长23米,宽17米,法堂,高12米,长40米,宽22米;天王殿,高10米,长12米,宽10米;两旁鼓楼钟楼;山门,高10.4米,长22.4米,宽10米;山门至天王殿之间是放生池,池面建九龙桥。观音殿至佛塔筑九十九阶台。观音殿至山门左右两傍,按用途分别建两层楼房,楼房之间长廊衔接。整个寺庙建成后,庄严壮观,既富有佛家风范,又具有客家文化特色。其中的千手观音像为粤东之最。它与公园、烈士纪念陵园,虽各具一格,自成一局,但又自然连成一个旅游景点的整体布局。