该庙歇山式建筑,坐西向东,创建年代无考。台基、墙身和屋顶均为石材构成。面阔三间7.35米、进深三间4.80米,高约5米,建筑面积40平方米。单檐歇山。殿顶为灰板瓦,疑为近代覆加。正脊平直,正脊两端和戗脊下端均以兽首作结。正脊中央雕有“吉”字图形。庙墙正面背面四组斗拱装在立柱之上,殿内四根石柱由步樑与墙连接,柱上置横梁承托屋顶。正面明间辟门,门高2.18米,门宽1.73米。左右有立颊。两次间用直棂窗8抹格,中间一道破子。其它三面无窗。门楣石簪上浮雕横排四个象形文字,南为“日”,北为“月”字,中间阳雕“卐”字。庙正面两窗下各嵌有96×44厘米的石碑,碑文已漫漶不清。
庙内为仿木构凹槽式抬梁建筑,以石板作椽,石条作檁,厚重坚固。庙内左侧立有一通嘉庆七年(1802年)新邑庠生赵蔺宫、董沐撰文、古钧儒童李天乙书丹的石碑。记载着“重修风后山群庙暨创建于孔子虫马仙康仙灶君药王鲁班送子土地……”的史实。
在此庙南山坡上也有一座明代石殿房,建筑式样相同,唯体量略小,用石雕金钱窗。每年三月三日庙旁有盛大庙会,新郑、新密、禹州等地数万群众前来登山-拜祖。
轩辕庙与黄帝故里2000年9月25日公布为河南省重点文物保护单位,2006年5月26日公布为全国重点文物保护单位。
轩辕庙为全国重点文物保护单位。