然而,兵燹之灾却将它毁于一旦。1938年春,中日台儿庄大战爆发。台儿庄清真寺建筑高大坚固,而且偏据北城,距火线最近,我守军186团将指挥所设置于此,遂为中日双方争夺的焦点。历经七天七夜的拉锯争夺,台儿庄清真寺沦为焦土,断壁残垣上的尸山血河,凝固成极为惨烈的悲壮画卷。四株古柏,有两株化为灰烬。幸存的两株也烧损过半,其中西侧那株主枝缺损,干枯龟裂,煎熬60多年之后死亡,于今只成枯干,依旧傲然立于堂前。另一株虽弹痕斑驳,却顽强生长,依然枝繁叶茂。西小讲堂弹痕累累,其弹痕特别密集的80平方厘米之砖墙,已于1988年10月被中国革命历史博物馆移去陈列。
台儿庄大战后,乡老马振堂向台儿庄十几家粮行募捐,于1942年重修了台儿庄清真寺。除恢复原建筑外,又新建了一座高28米的望月楼。望月楼瓷砖绿瓦,翘檐走廊,四面展角,雕梁画栋,好不气派,为当时台儿庄最高建筑物。但是,这些建筑在“文革”十年中惨遭浩劫,复又陷于破败窘境之中。
党的十一届三中全会后,党的民族宗教政策如雨后春风,让清真古寺再度焕发了青春。1983年,区政府斥资5万元,回族群众捐资3.5万元,按原样重修台儿庄清真寺大殿。该殿建筑面积120平方米,琉瓦红墙,金碧辉煌,具有鲜明的民族色彩。此后,区政府又拨款修建了院墙和水房、门楼以及门外场地,原来的“回教堂”又换成了“清真古寺”门额。重修望月楼,耗资50万,
2006年大功告成。重建的望月楼为7层建筑共28米高,巍峨耸立的飞檐走壁,为古色古香的台儿庄清真寺平添几分清幽壮丽。与此同时,在城区南部也修复了古有的清真南寺。方便了伊斯兰教众的宗教生活。
在台儿庄清真寺重建、修建、改建的一系列工程中,台儿庄区始终注重保存当年台儿庄大战的风物见证,那斑斑驳驳的墙壁及其密实的弹洞,半枯半荣的古柏及其躯干内残存的弹头,每天都在无言地吟诵着当年惨烈的慷慨悲歌,向世人昭示着中华民族威武不屈的精神和侵略者失败的必定结局。