早在1918年发现第一地点后,经1921年、1923年的两次发掘,发现了不少哺乳动物化石,特别重要的是在这些化石中有两颗人的牙齿,它是北京猿人遗骨的最初发现。自1927年以来,又经多次大规模发掘,特别在1929年12月2日,中国考古学家斐文中先生在北京人遗址北裂缝堆积中发现第一个完整的北京人头盖骨化石。这一发现为人类进化理论提供了有力的实证,被誉为中国科学家夺取的第一枚科学奥林匹克金牌。截止目前,出土的全部北京人化石有6件较完整的头盖骨、12件残破面骨、15件下颌骨、157颗牙齿和10几件残肢骨、体骨。这些化石代表40多个男女老幼尸体。周口店即以中国猿人之家闻名于世。根据发掘的地点,科学家们把这种原始人类定名为“北京人”,把这座洞穴称之为“北京人遗址”。
中华人民共和国成立后,又进行过多次大规模发掘,清理出40多个男女老少的北京猿人化石,100多种动物化石,10万余件各种石器,以及仍保存在洞穴内的几个灰烬层,最厚的一层超过6米,灰烬层中保留有大量烧过的碎骨和木炭碎块,可见“北京人”早已懂得用火烤食猎物和取暖防寒。
在北京猿人遗址上方,靠近山顶的洞穴中,是山顶洞人的遗址,在这里发现了三个成年男女完整的头盖骨和残骨。在山顶洞人尸骨周围发现撒有红色的赤铁矿粉末。洞内还发现山顶洞人用过的骨针、穿孔的骨坠、鱼骨、牙饰、石珠串联而成的“项链”,这些足以证明他们已学会缝制兽皮衣服御寒,懂得装扮自己,反映出山顶洞人原始艺术的萌芽。根据科学估测:山顶洞人的体躯特征和现代人无明显区别,他是原始的黄种人;他们生活在距今一万八千年前,比“北京人”又大大前进了一步。
1961年,周口店遗址被国务院列为全国重点文物保护单位,1987年,联合国教科文组织将周口店北京人遗址列入《世界遗产名录》。1953年周口店遗址博物馆对外开放。1992年,北京市人民政府将这里列为“北京市青少年教育基地”。1997年,被中宣部列为全国百家爱国主义示范教育基地之一。
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周口店遗址博物馆为AAAA级景点周口店遗址博物馆为全国重点文物保护单位。