杨吴筑金陵城,瓦官寺匡入城内,更名为“吴兴寺”。南唐又改名为“升元寺”和“升元阁”。 宋开宝八年(公元976年),宋朝南下军队破城,升元阁被焚毁。宋太平兴国五年(公元980年)复建寺院,命名“崇胜戒坛院”,同时筑“卢舍那佛阁”,高六七丈,里人仍呼其为升元阁。元朝,佛阁被毁,寺院亦被荒废。
明初,寺院原址一半改为骁骑仓,另一半并入徐魏公族园。嘉靖年间诏毁私刹,徐园旁私庙集庆庵以“瓦官寺”匾其庐而得免。万历十九年(公元1591年),僧圆梓募资赎地,重建寺院,亦名“瓦官寺”。祠部以两寺皆在瓦官寺旧址,遂称山上本寺为“上瓦官寺”;平地私庙为“下瓦官寺”。上瓦官寺殿左有凤凰台,南京状元焦竑更寺名为“凤游寺”,民间仍呼为上瓦官寺。清咸丰年间,上、下瓦官寺皆毁于兵燹。乱后虽有所恢复,规模远不如前。民国时上瓦官寺尚存,抗战初被日寇焚毁。下瓦官寺于“文革”期间被废。
1959年妙悟庵原房三进十八间,由南京市房产局代管,出租给南京绝缘材料厂。1964年,上瓦官寺被南京市第43中征用改建为校舍。2003年,绝缘材料厂将房产腾空,南京市佛协重建瓦官寺。自2003年7月起,在住持真慈大和尚和管理净全法师的主持下,开始了瓦官寺的筹划和重建。
交通指南景区地址:江苏省南京市秦淮区花露北岗
乘车线路:南京市内乘14、19、35、62、63、75、80、81、85、94、103、128、301、313、317、812等路公交在集庆门站下车可达。