礼拜殿在第二进院落的正中,东西向,砖木结构,二十余间,前后分为两层,檐下悬挂阿拉伯文匾额,具有典型的伊斯兰风格。望月楼高30米,平面呈六角形,顶端高悬铜鎏金新月,飞檐凌空,檐端镶四只望兽,并挂有风铃。南北讲经堂建于乾隆二十年(1755年),室内铺大理石地面,飞檐望兽。此寺的创建人铁魁在清初有战功,官拜骑督尉,封显将军、光禄大夫,热心教门事业,施舍家资建造了这座寺院。后来经过康熙、乾隆、嘉庆历代的增建,形成今日的规模。
南清真寺现为沈阳地区穆斯林活动中心,有阿訇主持教务。每逢伊斯兰教节日如古尔邦节、尔代节,寺内便热闹非凡。这里还经常接待巴基斯坦等伊斯兰国家的外宾。并已被列为市级重点文物保护单位。沈阳南清真寺为市级文物保护单位。