永祚寺总占地面积12万平方米,依山而建,坐南向北,三进院落。自北面山门而入,第一进院是20世纪80年代仿明代形制扩建而成,两厢为配殿,辟为展室,称陈列院。第二进院为“祗园胜景”,称牡丹院,遍植各色牡丹,具有北方园林的韵味;向东伸展建成的展室,陈列着从市内搜集来的碑刻、造像等。第三进院为“永祚禅林”,称礼佛院,有大雄宝殿、三圣阁、禅堂、客堂等。
大雄宝殿五间为结构精巧的两檐楼阁式,全用青砖磨砌成柱、檐、斗拱、雀替、垂花柱及图案等,仿木结构筑砌,殿内施拱券顶,不用一钉一木,是明代典型的无梁式建筑,故称“无量殿”。殿内正中供奉高3.85米的阿弥陀佛立式贴金铜像,两侧有释迦、药师佛铁铸坐像,是净土宗的礼佛场所。殿前有明代所植丁香和牡丹两株。大雄宝殿顶上建有三圣阁,单檐歇山顶建筑,顶部用砖雕斗拱,层层出挑,叠涩而上,形成套拱,筑成下大上小的砖砌藻井,是中国古建筑无量式殿阁中的珍品。殿内原有“西方三圣”塑像,现供明塑的三大士像,工艺精湛,也是明塑中的佼佼者。
礼佛院东侧门通往塔院。塔院与永祚禅林相对而言,也称上院。永祚禅林的中轴线是南北向,而塔院的轴线则是东南——西北向,反映了中国传统观念,特别是道家以东南之气祈增文运的寓意。沿这一轴线依次有新塔、过殿、旧塔和楼阁式的后殿。双塔高均为54米,南北对峙,相距46.6米,均用砖砌仿木构筑,与大雄宝殿结构一致。塔呈楼阁式梭形,随着塔身的上升,每层高度逐渐降低,斗拱由五踩重翘变为三踩单翘,符合人们仰视时下低上高的视觉。两塔的不同之处是旧塔收分不显,素边檐子,雕饰牡丹叶子;新塔收分明显,琉璃剪边檐子,饰有莲花。双塔塔心中空,阶梯设在外壁与内壁之间,游人可盘旋而上,直至第11层。塔身每层辟有四门通向出檐,可眺望晋阳的美丽山川。
2006年5月,永祚寺作为明至清时期的古建筑,被国务院批准列入第六批全国重点文物保护单位名单。双塔寺(永祚寺)为全国重点文物保护单位。