巩乃斯地势东南高、西北低,地貌特征为“两山夹一谷”,园区属剥蚀堆积的高中山区。其中分布有志留系、侏罗系,第四系地层岩性。其上为崩塌堆积物,腐植土覆盖。园区植被茂密,垂直地带明显:海拔1900-2800米以上为冻原—草甸植被,1900-2800米地带,以天山云杉、雪岭云杉群系为主。1900米以下,沟谷地带多为柳、山杨等,形成独特的山地森林、高山草原、亚高山草原景观。雪山倒映在湖泊中,漫山都是松树和野花,高山顶部有一群群的盘羊,北山羊、雪鸡等珍稀野生动物,它是一座巨大的动植物宝库,林中有马鹿、狍等,还盛产雪莲、党参、贝母等珍贵药材。
巩乃斯气候温暖湿润,年平均降水量839.6毫米,有新疆干旱区“湿岛”之称。7月平均气温13.5oC,是消夏避暑胜地。巩乃斯远看山峦起伏,群山叠翠。阴坡幽谷密林,云雾缭绕;阳坡山花烂漫,牧草茂盛。山间道路迂回盘旋,沟中流水潺潺,瀑布深潭时现。
乃斯四季分明,每季的景色都有显著特点,春天0满园、夏天百花争艳、秋天秋高气爽、冬天白雪皑皑,是避暑和旅游胜地。
巩乃斯有著名的阿尔先温泉,水温平均在摄氏43-63度之间,部分高温泉孔涌出的水可直接用来浸泡中草药或沏茶。每个泉孔的出水,都有不同的医疗作用,如“去毒泉”、“去关节病泉”、“生肌健骨泉”、“降温泉”、“点滴冰泉”等。每到春暖花开之际,来阿尔先沟温泉沐浴治病者络绎不绝。
巩乃斯距库尔勒市330公里,但距巴音布鲁克只有95公里,建议与巴音布鲁克天鹅湖放在一块儿游。