洞窟开在距山基200米的悬崖峭壁上,横跨九梁十沟,长500米。有崖窟、摩崖龛、走廊、自然崖龛,均置木构遮檐,北侧凿山门。
木梯寺明洪武初年重建。从现存窟龛造像风格来看,有一部分颇具北魏、唐代风格。现存窟龛18个,殿宇4座,保存有历代造像78尊,壁画234幅。其中五号窟高4.9米,宽6.7米,深5.4米,方楣穹官窿顶。全寺以古窟龛为主的建筑群还有主皇阁、三官殿等10余座建筑。
2006年5月,木梯寺石窟作为南北朝至元时期的石窟,被国务院批准列入第六批全国重点文物保护单位名单。木梯寺石窟为全国重点文物保护单位。