慈巴沟自然保护区以保护亚热带常绿阔叶林、亚热带珍稀动物种类，云南松高产林为目的，是西藏东南角气候温暖湿润、物种丰富、森林生态系统比较完整的地区。在保护区内，森林原始景观十分完整，珍稀野生动物活动频繁，其中有孟加拉虎、熊、豹、穿山甲、金雕、绯胸鹦鹉、蟒等。在未建保护区之前曾有少数猎人入沟狩猎，使珍稀野生动物数量有所下降；建立保护区后，狩猎现象基本被杜绝，区内野生动物数最大量增加。