1927年云岩法师募资扩建,更名慈云寺,是当时全国惟一僧尼合庙的佛教寺院。慈云寺建筑具有中西风格,在中国佛教寺院中独树一帜。
寺内的主要建筑有大雄宝殿、普贤殿、三圣殿、韦驮殿、藏经楼、钟鼓楼等。慈云寺所藏文物玉佛、金刚幢、千佛衣、藏经、菩提树等并称五绝。
藏经楼藏有稀珍本的影印宋版《碛砂大藏经》一部计6362册,以及佛教经典、金绣佛挂像、千佛衣、古代指书指画和日本早年出版的全套佛像影画等。还有一棵国内罕见的菩提树,系60年前自印度移植,如今已是枝繁叶茂。树下池内有雕塑莲花一朵,上立释迦太子像,四周塑有九条龙,口喷清泉,曰“九龙浴太子”。
大雄宝殿正中供奉的释迦牟尼玉佛,高187厘米,重1500多公斤,系中国四大玉佛之一,1931年由缅甸迎来。玉佛前悬挂着四个金刚幢,上面有五色金线盘结粘贴而成的《金刚经》全文。