遗址内包含4个不同时期的考古学文化堆积，第一层是距今6000年左右的新石器时代文化层；第二层是距今5000—4000年被命名为“石峡文化”的新石器晚期文化层；第三层是距今3800—3100年的早期青铜文化层；第四层是时代与中原地区西周晚期到春秋时期相当的晚期青铜文化层。遗址发现柱洞、灰坑、陶窑等遗存，清理墓葬136座。

　　石峡遗址的发现和发掘，是广东考古工作的重大突破，它填补了秦汉以前古文化的空白，为探讨与邻近省区及东南沿海地区同时期文化之间的关系提供了丰富的实物资料，对考古学和历史学都有重要意义。（国家文物局）

　　石峡遗址为全国重点文物保护单位。