南山保护区位于始兴县城西南面，2005年被省政府批准为省级自然保护区，2009年批准纳入中国生物圈保护区网络，总面积7113公顷。区内共有维管束植物219科，626属，1106种，其中蕨类植物有32科，63属，122种；裸子植物有12科，12属，15种；被子植物有67科，551属，969种，列入国家重点保护的有福建柏、闽楠、半枫荷、金毛狗、榉树、花榈木、华南椎、篦子三尖杉、粗齿桫椤等13种。脊椎动物有215种，隶属33目，83科，168属。其中列入国家重点保护的有海南虎斑鳽、黄腹角雉、穿山甲、水鹿、苏门羚、白鹇、虎纹蛙、褐翅鸦鹃等21种。