文昌鱼（Branchiostoma），是介于无脊椎动物和脊椎动物之间的动物，而更趋向于脊椎动物，说它是“鱼”，实际上并不是鱼。外形像小鱼，体侧扁，长约3—5厘米，半透明，头尾尖，体内有一条脊索，有背鳍、臀鳍和尾鳍。生活在沿海泥沙中，吃浮游生物。文昌鱼是福建厦门的名贵特产，俗名鳄鱼虫。以前有人说文昌鱼产于刘五店是讹传，历史上文昌鱼以下后滨为最。文昌鱼是珍稀名贵的海洋野生头索动物，列为中国二类重点保护对象。生物学家认为，文昌鱼是从无脊椎动物进化到脊椎动物的过渡物种。

     属于脊索动物门(Chordata)头索动物亚门(Cephalochordata)。为小型海生动物，广泛分布于世界温暖地区海岸水域，温带水域略少见。文昌鱼共有12种，分布在热带、亚热带的浅水海域中，中国厦门、青岛和烟台沿海，地中海、马来西亚、日本、北美洲海洋边岸都有出产。文昌鱼体长40～57毫米；美国产的加州文昌鱼可长达100毫米。文昌鱼繁殖季节为每年6至8月，喜欢生长在水流温暖缓和、水质沙质较好的海湾。文昌鱼味道鲜美，营养价值很高，蛋白质含量占70%；而且碘的含量较高，能治疗甲状腺病。

       文昌鱼得名于厦门翔安区刘五店海屿上的文昌阁。这里是中国最先发现文昌鱼群的地方。

       在中国厦门的刘五店鳄鱼岛附近曾流传着一个传说；古代，文昌皇帝骑着鳄鱼过海时，在鳄鱼口里掉下许多小蛆，当这批小蛆落海之后，竟变成了许多象鱼样的动物，为纪念文昌帝君的缘故取名为“文昌鱼”。嗣后这些动物在那海域繁衍昌盛，当地渔民也以捕文昌鱼为生了。此传说固不可信，但也显示人民对祖国特产的崇爱和纯朴的想象力。

       头索动物亚门只包含一个纲（头索纲）一个科（鳃口科）两个属。即文昌鱼属和偏文昌鱼属。偏文昌鱼的显著特点是只在身体的右侧有生殖腺。

       文昌鱼皮肤薄而半透明，由单层柱形细胞的表皮和冻胶状结缔组织的真皮两部分构成，表皮外覆有一层角皮层。表皮外在幼体期生有纤毛，成长后则消失。文昌鱼尚未形成骨质的骨骼，主要是以纵贯全身的脊索作为支持动物体的中轴支架。脊索外围有脊索鞘膜，并与背神经管的外膜、肌节之间的肌隔、皮下结缔组织等连续。

       文昌鱼肉红色，晶莹、半透明状，两头尖尖，40～57毫米；美国产的加州文昌鱼可长达100毫米，文昌鱼前端有眼点，为视觉器，下为前庭及口口叫“口笠”。前庭周围有40条口须，在咽的两侧有垂直的

       鳃裂，文昌鱼在它胚胎时鳃裂只有8对，到了成体却增加到180对。文昌鱼的鳃裂不直接通向体表面开孔，而被皮肤和肌肉包裹着，形成一对特殊的“围鳃腔”。文昌鱼的后端有尾鳍及肛前鳍，背部有一条背褶，是一层皮膜物，根本没有真正的骨质鳍条；腹面还有一对皮褶，叫做“腹褶”。身体两侧交替长着65个透明的肌节，这肌节是V字形。V字的尖端部分朝着前方，这对在水中的向前运动有利。

       中国厦门、青岛是文昌鱼的两个主要栖息地。此外，整个东南亚沿海均有发现文昌鱼。在北美国加利福尼亚州和佛罗里达州也有分布。

       文昌鱼对栖息地的底质及水质的要求较高，人为破坏所造成的栖息地环境改变有可能造成文昌鱼种群的消失。例如高集海堤的修建就直接导致了曾经年产60吨文昌鱼的刘五店渔场的消失。文昌鱼具有丰富的营养价值，为东南亚一带的传统食物，商业性的捕捞也加速了文昌鱼资源的枯竭。文昌鱼现为中国的国家二级保护动物。

       文昌鱼分布在地球热带、亚热带的8～16米的浅水海域中，特别在北纬48°至南纬40°之间的环形地区内较多，中国河北昌黎、厦门、青岛、威海和烟台沿海处也很多。其他象地中海、马来西亚、日本、北美洲海洋边岸都有出产，但产量并不多，故视为珍品。中国在尚未发现有文昌鱼前，为了教学上的需要，以极高昂的价格向国外高价购买文昌鱼，因此而丧失外汇不少。

       文昌鱼是适合在温暖海中的动物。它半截下身埋在沙中，仅以前端露出沙外，白天半截身体躲在沙砾之中，在阳光之下，摇摇摆摆，依赖水流带来浮游生物及硅藻、植物供它吃食，这种被动式的摄食方式，说明它的低级性，也就是说明它在进化中低于脊椎动物；到了晚间才是它活跃的时刻，这时它离开沙窝，如同离弦的羽箭弹射到水面活动，一旦遇到惊扰，又游回沙滩窝内。文昌鱼游泳时以螺旋形方式前进。摄人的食物进入直形的肠管内消化吸收；文昌鱼并无专门的呼吸器官，海水流经鳃裂时气体进行交换，氧气吸入，血液中的CO2最后由围鳃腔经腹孔排出体外，有相当一部分氧气是通皮肤表面的淋巴窦直接由水中吸入血液的；文昌鱼的血液中因无血细胞，故无颜色，文昌鱼的中枢神经是一条纵行的神经管，位于脊索的背面，但稍短于脊索；文昌鱼一年产卵3～4次，产卵时间在6～7月，体外授精，受精卵细胞分裂，很快地成为被有纤毛的幼体，沉人海底，发生变态，发育为成体，有时，在某些特殊情况，幼体被卷入深海，变为深海的居住者，由于一些至今还不清楚的原因，使幼体一直延续到三年都在那里。它身体不断地增长、很快地成为大型的幼体，甚至在变态为成体之前，它的生殖腺早巳开始发育了。它长满到11个月即开始成熟，但在外形上雌、雄性并无明显区别，只是在生殖腺的颜色不同上略可分辨；精巢呈乳白色，卵巢呈柠檬色。成熟了的精巢中排出精子，卵巢中排出卵子，它们从围鳃腔中流出体外，在海水中受精。

       文昌鱼虽然是不起眼的小动物，但它是从低级无脊椎动物进化到高等脊椎动物的中间过渡的动物，也是脊椎动物祖先的模型。文昌鱼的摄食、排泄等机能都象无脊椎动物的形式，但血管系统、呼吸系统、神经系统和胚胎发生过程都有了脊椎动物的模样；而且在生物化学上均可见到它具有脊椎动物所有的磷酸肌酸物质，但却不具备脊椎动物所有的血红蛋白和铁的化合物，文昌鱼含有一种特殊的钒的元素。

       文昌鱼没有脊椎骨，因此不容易留下化石的遗迹，但以上所述足以说明文昌鱼是活的见证物了。因此无论从教学上、科研上都是十分需要的材料。