目前人工养殖黄鳝常见的疾病有水霉病、细菌性腐皮病、赤皮病、出血病、肠炎病、毛细线虫病、隐鞭虫病、萎瘪病、锥体虫病、棘头虫病、水蛭病等。黄鳝发病之初往往难以发觉，一旦发病症状明显，再进行治疗不但操作麻烦，而且会给养殖生产带来一定的经济损失。故人工养殖黄鳝必须按“全面预防，积极治疗”的方针，采取“无病先防，有病早治，防重于治”。在实际操作中要把好“三关”：其一是把好环境关;其二是把好消毒关;其三是把好管理关。下面将常见病的防治介绍如下：
 
　　肠炎病防治
  　加强饲养管理，按“四定”投饵，不投喂腐败变质饲料，防止饥饱无度。定期用欣碘一瓶60—80个网箱（6平方）消毒杀菌。内服氟伴欣一包拌100斤饵料+彼奥酸一包拌800斤饵料：连用3天～6天。

    赤皮病、腐皮病防治
　　鳝鱼池用生石灰彻底消毒，消灭病原体。保持水质清新定期用欣碘一瓶60—80个网箱（6平方）消毒杀菌。 捕捞、运输、放养操作细致，尽量避免鱼体受伤。定期换水、消毒，保持水质清新。    

　　萎瘪病防治
    同一鳝鱼池规格整齐，防止争食。放养密度适宜，密度过大，应及时分池。饲料要求营养全面、丰富，投均匀，满足鳝鱼摄食生长。定期内服拜水安一包/800斤饵料+德维乐一包/1000斤饵料。