黄鳝种苗一般都是就近解决，以生态繁育自备的黄鳝种苗为好，也可以收购刚刚笼捕的野生黄鳝，需要无病无伤、规格整齐，对于药捕、电捕、钩钓的黄鳝不可以作为种苗来源。

一般选择体色呈黄色并杂有大斑点，这种黄鳝生长速度较快，适宜作为黄鳝网箱养殖的鳝种。

体色呈现青黄色、灰色且斑点细密的黄鳝不适宜作为种苗。