有机肥施用前，一般应充分腐熟，同时应注意保持养分。未经腐熟的有机肥直接施用有可能传染病菌、发热伤根等，纤维素多的有机肥施入土壤还会消耗土壤中的速效氮。定植穴使用未经腐熟的有机肥则会导致穴土下沉，抑制幼根的发育。但有机肥的腐熟又要适度，堆制时用稀泥封堆或加棚加盖，以免肥料中的氮素分解成氨后，挥发损失。饼肥施用时须先粉碎，最好浇入稀薄的人粪尿，混合均匀后堆沤制5-10天使用。
施肥后须认真及时覆土，尤其是尿素、氨水等化肥，不覆土会造成养分的挥发损失。
施用化学肥料时应遵循少量多次的原则，土壤湿度不大时，应尽量掺水或溶入人粪尿中施用。施入土壤后，必须与土壤混匀，避免结块或施在一处，造成局部浓度过高，产生肥害。
鱼肥、堆肥中往往含有有毒物质或较高的盐分，使用前应稀释、堆沤制后使用。
尿素作根外追肥时，要注意防止缩二脲中毒。一般来说，尿素中缩二脲浓度较低，在0.25%以下，柑桔施用尿素作根外追肥，只要方法得当，不会产生中毒现象。
施用氨水时须兑水后施用，但要注意浓氨水挥发性强，兑水时要远离树体，否则会熏伤树叶。