柑桔麻风病的病原被认为是种非系统性侵染的病毒，暂时归类于裸露的棒状病毒。它的病毒颗粒呈小杆状（35-40χ120-130nm）位于受感染寄主组织的细胞核内，与咖啡环斑病毒和一些兰花病毒相似。近年来在巴西和阿根廷发现了一种呈小杆菌状（50-55χ120-130nm偶尔有300nm长的），总是被限制在寄主内质网的泡囊上的新的柑橘麻风病的病原。这两种形态的病毒颗粒可能是同一种病毒在不同的发育阶段，或是导致麻风病的两种不同的病毒。