通过指示植物鉴定，茎间嫁接脱毒或热处理获得无鳞皮病母树，培育无病毒苗木可以有效防治此病。由于囊胶病可以通过枳和枳橙的种子传播，砧木种子母树亦需通过鉴定证明无病。此外，刀、剪等工具用次氯酸钠液消毒。