柑橘根系由种子胚根发育而成，包括主根、侧根和须根。胚根垂直向下生长、发育成主根，主根上着生向地面斜生或水平生长的侧根，侧根分生许多小根，小根再分生无数须根。扦插、压条繁殖的柑橘苗，由伤口愈合组织长出不定根，并发育成根系，无主根。
　　根群在树冠外围滴水线附近及垂直下生的地方分布较为稠密。许多砧木侧根、须根发达，横向分布较树冠大1—3倍。距地表10—60厘米土层中的根量，占总根量的90%左右，根系分布的深度，取决于土壤透性、地下水位高低和砧木种类。如甜橙、柚等，主根粗长深达1—3米。枳和柑类主根较短，深1米左右，侧根亦多。土壤透气差，或地下水位高的园地。主、侧根生长受抑制。
　　为使根系迅速形成根群，必须满足它所需要的营养、土温、湿度和氧气等条件。大多数品种在气温25—28℃，土温24 30℃，土壤含氧在2%以上，根的生长最活跃，在此时期，增有机肥，增强土壤团粒结构，适时灌溉，保持土壤一定湿度（含水量为18—20%），根系迅速形成根群，有利树冠和果实生长发育。