除检疫性病虫杂草在疫区要禁止传出，在保护区要彻底消灭外，大多数病虫害防治的目的是将有害生物控制在防治指标内不致对生产造成损失，而不是消灭有害生物。不要见病虫就施药　，更不能盲目施药，必须实行综合防治。

有害生物的综合防治主要包括下面几点：⑴农业防治，是综合防治的基础，以加强栽培管理增强树势提高植株抵抗力和补偿力为主，同时通过合理的栽培措施创造一个不利于有害生物而有利于植株生存的生态条件，从而抑制有害生物蔓延和危害。如剪除病虫枝和密弱枝翻耕园土可杀死和减少病虫越冬。果园间种瓜豆等可增加天敌数量，开沟排水降低土壤湿度可减轻脚腐病等发生，枳砧抗脚腐病红桔砧裂皮病轻。⑵生物防治：用有益生物或其生理活性物质来控制有害生物，包括有益昆虫（瓢虫、草蛉和寄生蜂）、捕食螨、蜘蛛、鸟兽、微生物、抗生素、拟激素类物质和植物源农药等，以减少化学农药施用，如用瓢虫、草蛉和捕食螨防治红蜘蛛、四环素防治黄龙病和果圣农药防治蚧类等。它是综合防治的重要手段和目的。⑶适时选择适宜的农药进行化学防治是进行综合防治的关键。因此必须作好预测预报、制定防治指标，在此基础上选用高效和对天敌安全的农药进行防治。如柑桔红蜘蛛强调开花前后防治，矢尖蚧强调防治第一代等。⑷物理和机械防治：如用灯光引诱或驱避害虫，用辐照射线处理果实蝇雄虫使其不育，用黄色驱避蚜虫，用热处理脱除或钝化病毒来防治病毒病，用人工捕捉害虫等。⑸检疫防治：是通过法律手段来控制和消灭个别危险性病虫杂草的传播和危害。如禁止柑桔溃疡病和柑桔实蝇等传入保护区，一经发现应立即销毁。