柑桔植株是病虫害发生的基本条件，其品种和砧木种类对病虫害的发生有一定的耐受能力。如甜橙不抗溃疡病和脚腐病，但很少发生疮痂病；红蜡蚧主要为害桔类，甜橙受害很轻。枳砧具抗寒、抗旱、抗脚腐病、抗根线虫病、早结果、早丰产、矮化等优点，但不抗柑桔裂皮病，不耐盐碱。

同一品种与不同砧木组合也要影响抗病性或耐病性。例如温州蜜柑中熟品系若嫁接在酸桔砧上，则容易发生青枯病，而嫁接在枳砧上则发病很少。据查，柑桔衰退病在我国普遍存在，但未成灾，主要原因是由于多采用枳、红桔、酸桔、枸头橙等耐该病的砧木；若改用酸橙砧，则将大量暴发。

同一品种，不同生育期对病虫害的抵抗能力也有很大差异。例如柑桔疮痂病、溃疡病和潜叶蛾等只侵害幼嫩组织，不能侵入已木栓化了的枝叶。生产上可根据这一特性，把防治重点摆在保护嫩梢幼叶和幼果。

综上所述，衡量一个品种，不仅要看其园艺性状和丰产性能，还应该考虑它对病虫害（甚至冻害、旱害等不良环境）的抵抗能力。选择一个主栽品种时，应根据当地气候、土壤、病虫害种类、可用砧木等方面进行权衡利弊，以便获得最高经济效益。