新《条例》设立的农药经营许可制度有利有弊。一方面，由于我国农药销售渠道层级较多，监管相对困难。目前我国农药市场假冒伪劣产品的问题比较突出，而设立农药经营许可制可以规范农药的经营环节。这可以在一定程度上打击假冒伪劣产品的销售，并加强我国对农药流通领域的监管。不过另一方面，设立农药经营许可制意味着设立了进入农药经营领域的门槛，这将会抑制我国农药经营企业的活力，从而影响国内农药产品的流通。而且，农药经营许可制度容易造成农药流通的行业垄断，这与我国农药行业进行市场化改革的大方向不符，对我国农药产业的长远发展不利。
　　安徽华星化工股份有限公司营销总监尹友本：现在市场比较混乱，就是因为缺乏对经营企业的有效管理。新修订的《条例》对农药经营企业提高了门槛，此举无论对经营企业还是对生产企业都是积极的。
　　广东某经销商：对比新旧《条例》，主要的差别在审批权归属。旧《条例》规定审批权归县级工商部门，新《条例》则规定由县级农业部门发放经营许可。工商部门不熟悉农药业务，以往工商部门发证难以考察经营者资质，导致市场鱼龙混杂。如果让农业部门对准入门槛把关，经营者的素质肯定会明显提高。希望新政策早点出台，个体户也能凭实力正大光明地从事经营。
　　广州市同志作物科学有限公司总经理范曙登：从市场经济的角度，农药经营只需获得营业执照是合理的，但从行业规范的角度，农药是特殊商品，需要一定资质才能经营，应该获取行业的经营许可证，但这又与《行政许可法》矛盾。这需要在两者间找到一个平衡点，或者通过修订法规修补漏洞。现行《农药管理条例》也对经营资质做了详细规定，如第十九条规定农药经营者应有与其经营的农药相适应的技术人员；有与其经营的农药相适应的营业场所、设备、仓储设施、安全防护措施和环境污染防治设施、措施；有与其经营的农药相适应的规章制度；有与其经营的农药相适应的质量管理制度和管理手段。但相关规定过于模糊,没有具体化,可操作性不强，这也给了职能部门较大的自由裁量权。
　　吉化集团农药化工有限责任公司销售经理：《条例》修订后，对于农药生产企业来说是农药登记程序和产品生产要求提高了，监管变严了，这会在一定程度上增加这些农药生产企业的生产成本。而对于农药经营企业来说，设立农药经营许可制度意味着树立了一道进入农药经营领域的门槛，未来相关企业要从事农药经营将会变得复杂。而对于农民用户而言，农药生产要求提高和经营管理趋严使得农药产品的质量有了保证，其购买到假冒伪劣产品的概率将会大幅降低。