自从微生物肥料问世后，社会上对微生物肥料的看法就一直存在一些误解和偏见。一种看法认为它肥效很高，把它当成万能肥料，甚至扬言可以完全取代化肥；另一种看法则认为它根本不是肥料。其实这两种都是偏见。国内外多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果，而且有化肥达不到的效果。因此，我们认为它是肥料，又与传统化肥和有机肥在概念和内涵上不同。

微生物肥料的种类按目前做生物肥料制品的功能可将微生物肥料主要分为两大类：

　　1.通过其中所含微生物的生命活动，增加了植物元素营养的供应，从而改善植物营养状况而导致增加产量。其代表品种为各种根瘤菌肥料，主要应用于豆科植物，使其能在豆科植物根、茎(叶)上形成根瘤，同化空气中的氮素来供应给豆科植物主要氮素营养。

　　2.其制品也是通过其中所含活的微生物生命活动导致作物增产，但关键作用不只限于提高植物营养元素的供应水平，还包括它们本身产生的各类植物生长刺激素对植物生长的刺激作用，拮抗某些病原微生物而产生的抑制病害作用，活化被土壤固定的磷、钾等矿物营养，使之能被植物吸收利用，帮助植物根吸收水分及多种微量元素而导致的增产作用，加速作物秸秆腐熟及促进有机废物发酵等作用。这些从广义上都可称为微生物肥料。

微生物肥料的特点：微生物肥料是活体肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。因此，微生物肥料中有益微生物的种类、生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其它肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和多少为基础。正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土着微生物的排斥作用都有一定影响，因此在应用时要加以注意。