钙镁磷肥对于作物也有着很好的作用，钙镁磷肥是一种弱酸活性磷肥，这种磷肥所含的磷元素不溶于水，但能在弱酸中溶解，虽然它的肥效比磷矿粉来得快些，但也还要有一个溶解过程，才能变成作物可以吸收利用的有效磷。把钙镁磷肥施在酸性土壤上，它不仅可以被作物根系分泌的弱酸及微生物活动产生的弱酸溶解，还可以被土壤中的酸溶解，所以溶解比较快。而在石灰性土壤中，溶解过程就要慢得多。

钙镁磷肥又是一种碱性肥料，除磷外还合有很多钙和镁，因此在酸性土壤上施用，还有补充酸性土壤中钙、镁不足和降低土坡酸性的功能，从而改善农作物的生活条件。据试验，钙镁磷肥施在酸性土壤上，当季肥效大致与过磷酸钙相当，有时还超过过磷酸钙，而在石灰性土壤上施用，其肥效约相当于过磷酸钙的80%左右。