不同的杀菌剂在使用时有着不同的禁忌，所以在农业生产时一定要弄清楚弄明白，才不会错误使用而导致不必要的损失。

1、三唑类杀菌剂使用时要注意时间，在最佳使用期使用会有效果，但是如果是施加在了错误的时间是会有不好的影响的，瓜菜类作物不要在营养生长期使用，如果在此时间浓度过大时，会使植株生长缓慢，植株变小且叶子变厚，影响生长。

2、在作物的生长期喷施波尔多液、石硫合剂等杀菌剂时要谨慎，防止出现药害。

3、白菜对铜制剂是非常敏感的，所以在白菜的种植时最好不要添加铜制剂类的杀菌剂。

4、无机铜制剂在果树花期、幼果期禁止使用，高温、高湿天气慎用。同时不能乱混配使用。

5、当含有百菌清成分且是高含量的杀菌剂使用时，不适合在柿子和梨树上使用，因为有可能会产生药害。

6、高含硫磺复配制剂使用在部分水果和蔬菜上时，要谨慎或者不用，黄瓜、大豆、马铃薯、桃、梨、葡萄都是如此。

7、砷制剂不适事在柿子的生长期使用，同时在瓜类上施加可能会发生药害，所以一定要谨慎。