微生物菌肥施用有讲究，不能与一些特定的肥料或农药混合使用，否则会影响微生物菌肥的效果。

微生物菌肥里的微生物容易受到化学物质的毒害，因此像硫酸钾之类的含硫肥料不要和微生物菌肥一起使用。微生物军费最好单独使用，避免和其他化学性质的肥料和农药进行混合使用，那样只会劳民伤财。

杀虫剂、杀菌剂、除草剂。草木灰、未腐熟的农家肥都含有高浓的化学物质，因此要和微生物菌肥岔开使用。正确的方法是：在施用过微生物菌肥后，根据说明书上要求的间隔天数，过一段时间再施用其它肥料或杀菌剂、杀虫剂等。生物菌肥最好做基肥埋在土壤中使用，这样叶面喷施农药时不致杀死菌肥中的有益菌，才能保证有好的效果。有些菜农在上茬蔬菜使用了灭线药如溴甲烷、棉隆、阿维菌素等，这些农药在土壤中会残留，短时间内分解不彻底，会使下茬蔬菜使用菌肥的效果大大降低。