菌肥，也称生物肥，含有大量的有益微生物。它的主要功效是通过其中的微生物在土壤中而起的生物化学作用来提高农作物的营养和生长条件，其实它本身并不具备农作物所需要的营养成分。菌肥里德有益微生物主要有根瘤菌生物固氮、解磷菌活化土壤中难溶性磷、解钾菌和酵素菌等。菌肥，他的真正的肥效通常情况下还和其中维持微生物生命活动的基质有着密切的关系。

由于作为农资产品的生物肥料，一定要达到在活菌数、杂菌率、有效期等有关方面的的基本要求。在认识农用微生物菌剂之外，我们还需要知道以有机物为基础的复合微生物肥料以及生物有机肥。在指定的农用微生物与营养物质混合配置而成就会变为复合微生物肥料，它不仅可以为植物提供和改善营养，而且将会提升农作物的产量或产品的质量。按照NG/T798—2004的技术标准，那么液体、粉剂、颗粒等不同剂型的产品的总养分（N+P2O5+K2O）含量分别不可以低于4%、6%和6%，可是化肥含量高也不是很好，如果太高就会影响微生物的活性。而生物有机肥则是特定的农用微生物和动植物的废弃物通过特殊处理而得到的，它具有微生物肥料以及有机肥料的优点。

另外，如果大量给农田施用氮磷钾时导致土壤中的氮磷钾养分含量过高，那么将会降低根瘤菌、解磷菌、解钾菌肥的效果，甚至一点效果都没有，比如施用过量的氮肥就会降低影响根瘤菌的活动，导致根瘤的固氮作用消失。除此之外还需要注意的是，由于菌肥中的那些有益微生物是有含有生命的，所以我们在储藏的时候不准和农药、化肥以及过酸、过碱等物质放在一起，切忌千万不能和过多的化肥以及酸碱性的化肥一起施用，因为如果土壤酸碱性过大或干旱的天气都将会严重阻碍菌肥的有效发挥。