第一、有机肥配合生物菌的使用

在栽培蔬菜的过程中，使用有机肥不但可以为蔬菜提供所需求的各种营养元素，与此同时还可以让土壤一直保持肥沃，这样我们能够在同一块田地上连续许多多栽培蔬菜。有机肥虽然好，但是若是没有生物菌的帮助，就会造成蔬菜的烧根、熏苗等危害。因此，在应用有机肥的时通常是是需要和生物菌配合使用。通常作为底肥的粪肥，在使用的时候需经过生物菌进行发酵腐熟，在应用到蔬菜上时才可以确保足够的安全。

第二、甲壳素配合生物菌的使用

在养护植株根系、增强蔬菜作物抗病害能力方面，一直以来甲壳素都是菜农使用的重点。这是由于甲壳素包含几丁质以及糖类物质可以让作物能够健壮生长，抗性会更强。

而生物菌也在不断改善土壤、促进植株根系生长等方面具有许多的优势。在生物菌含有固氮菌、解磷解钾菌、放线菌、芽胞杆菌、毛壳菌、乳酸菌、光合细菌等。特别是放线菌，能够产生许多种抗生素，控制病原菌的生长繁殖。而甲壳素正好对放线菌的具有最好的增殖效果。在使用甲壳素灌根之后，土壤中的自生固氮细菌、纤维分解细菌、乳酸细菌比对照提高了6到10倍，放线菌更加显著，增长了大约30倍之多，而经常见的霉菌以及其它丝状真菌的数量会明显减少。

第三、化学肥料配合生物菌使用

化学肥料配合生物菌使用，一是能够利用生物菌达到活化土壤、控制植株健康生长、促进土壤里的营养元素吸收利用的作用，降低矿质营养成分在土壤中的残留，其次是化学肥料能够满足生物菌在调节以及促进作物在生长过程中对于矿质元素的要求。