水稻是从苗期到抽穗期都可能会发生恶苗病，通常会出现3个比较明显的发病高峰期。在种植之后的半个月左右会出现第一个感染病害的高峰，在水稻分蘖高峰期会出现第二个发病旺盛峰，在水稻孕穗期会出现第三个染病害的旺盛峰。在前两个高峰期感染病害比较严重。带病菌的作物种子是水稻感染恶苗病的主要传染源，其次是病稻草。恶苗病病菌主要是以分生孢子粘附着在种子表面或是以菌丝体潜伏到种子内过冬。播种病谷或是使用感染病害的稻草来覆盖进行催芽，都将会引起幼苗发病。在苗期感染病害，病苗将会比健苗细高，发病苗叶片、叶鞘较为细长，叶色呈现淡黄，根系发育不正常，某些感染病害的作物苗在移栽前后不久就会死亡。病死的作物表面上会出现分生孢子，此可以通过风雨蔓延到无病害感染的幼苗上，从伤口侵入，导致多次再次侵染。但是此种再侵染能力相当弱，在田间侵染健康稻苗的可能性非常小。

在播种之前使用药液进行浸种是治愈恶苗病的最为有效的措施，适宜使用的药剂有氰烯菌酯、乙蒜素以及咪鲜胺等。但是用药量太低或是用药的浓度太低将会造成防治效果降低，导致发生恶苗病。使用药液进行浸种的时间太短，也会造成防治效果下降。某些地区的水稻恶苗病病原菌会对咪鲜胺产生抗性，在这些地区，适宜更换使用氰烯菌酯、乙蒜素以及咯菌腈等药进行浸种。在给水稻进行浸种的过程中，病种子上的病菌将会污染到没有染病的种子。