有机蔬菜种植的土地在使用肥料时，在培肥土壤的基础上，通过土壤微生物的作用来供给作物养分，以有机肥为主，并适当种植绿肥作物，尤其是豆科绿肥培肥土壤。

有机蔬菜施用有机肥、微肥、和部分微生物肥料。其中，有机肥包含堆肥、厩肥、沼气肥、绿肥、作物秸秆、草木灰、泥肥和饼肥等。有机肥是一种含有大量元素和许多微量元素的肥料，有机肥施入土壤后，经过微生物能够分解转换，变成作物能够吸收利用，提高土壤的供肥能力。

施用优质的有机肥，能够增加土壤的通气性和透水性，改善土壤的肥水状况，有利于作物的生长。有机蔬菜施肥，施用农作物秸秆和禽粪便是有机肥的优质肥料。农作物秸秆粉碎后加入速腐剂，是发酵温度保持在25℃-45℃，每立方米粪肥用EM原露1公斤加0.5公斤红糖兑水20公斤，搅匀后静置30分钟，再喷洒在半干的粪肥中，翻堆后用农膜包严发酵，温度以不超过45℃为宜。每亩日光温室蔬菜可深施腐熟的有机肥16-20立方米，分两次施入，施后浇透水1次。3年以上的蔬菜田，每亩分两次施入80公斤石灰粉，浇水中和土壤。

有机蔬菜增施微肥，蔬菜施用微肥，可使蔬菜优质高产，但微肥施用量要合理，施用量过多会导致蔬菜产生危害。酸性微肥，如硫酸亚铁每亩用量不能超过3.5公斤，硫酸锰每亩用量不能超过2公斤；碱性微肥如硫酸铜每亩用量不能超过2公斤，硼砂每亩用量不能超过1.25公斤，硫酸锌每亩用量不能超过1.25公斤；中性微肥如硫酸镁每亩施0.5公斤。

有机蔬菜施用化肥要慎重。硝酸铵和其他硝态氮肥一般不宜施用于有机蔬菜。叶菜类蔬菜忌叶面喷施氮肥。氯化铵、氯化钾等含氯化肥不宜施用于番茄、白萝卜、红薯、山药等。合理施用肥料，更有利于作物的生长，利于土壤对肥力的进一步提高。