复合肥具有养分含量较高、施用方便及利用率高等优点，对平衡施肥，提高肥料利用率，促进作物的高产稳产有着十分重要的作用。但由于复合肥所含的养分比例固定，而且所含养分种类有限，合理施用复合肥是实现作物高产、优质、低耗的重要措施。 （1）与有机肥配合施用 虽然现在大多数复合肥都是多元的，但仍然不能完全取代有机肥，有条件的地方应尽量增加腐熟有机肥的施用量。复合肥与有机肥配合施用，可提高肥效和养分的利用率。有机肥的施用，不仅改良土壤，活化土壤中的有益微生物，更重要的是节省能源，减轻环境的污染。使用一些生物有机肥，不但可免去传统制作有机肥的繁琐过程，而且可为土壤提供大量的有益微生物，活化土壤养分，减少连作障碍。 （2）以作基肥或种肥为主 复合肥一般作基肥或种肥，特别是生育期短的蔬菜。大量试验表明，不论是二元还是三元复合肥均以基施为好。这是因为复合肥中含有氮、磷、钾等多种养分，作物前期尤其对磷、钾极为敏感，要求磷、钾肥要作基肥早施。控释复合肥在生产过程中采用了包衣、造粒等工艺，肥效缓慢平稳，比单质化肥分解慢，养分流失少，利用率高，适合于作基肥。 （3）深施覆土 因复合肥中含有两种或两种以上大量元素，氮肥表施易挥发损失或雨水流失，磷、钾易被土壤固定，特别是磷在土壤中移动性小，施于地表不易被作物根系吸收利用，也不利于根系深扎，遇干旱情况肥料无法溶解，肥效更差。所以复合肥的施用应尽可能避免地表撒施。 （4）与单质肥料配合施用 某些专用复合肥虽然根据作物的需肥特点、试验土壤的供肥特性确定了适宜的养分配比，但也很难完全符合不同肥力水平土壤上作物实际生长的要求，因此有必要根据作物的实际生长情况，再配合使用一些单质肥。如在缺氮土壤上对需氮较多的叶菜类需使用一些氮肥，在缺钾土壤上对需钾较多的西瓜后期需使用一些钾肥。