商品有机肥多为富含有机质的动植物废弃物经发酵后制得，并达到了NY525—2002行业标准，作为商品出售，其品质优于一般农家肥。在施用方法上主要作基肥，每亩施用量为200-500公斤；一般不提倡作追肥，如果作追肥施用量应该适当减少，并配施适量化肥。由于其施用量较少，归还给土壤的有机质相当有限，不可长期连续施用商品有机肥来代替农家肥，至少要每隔3-5年施用一次农家肥。