不仅在对微生物肥料认识上存在误区，在使用过程中也同样存在误区，而在使用时没有避开这样的误区就会造成微生物肥料没有效果。使用中存在的误区有以下三个方面：

1、与化学农药混用，降低活性。微生物肥料中含有活菌成分，将微生物肥料与杀细菌药剂混合使用且长时间放置，极易影响菌的活性降低并造成部分菌死亡。　

2、重视使用，轻视使用量。使用微生物肥料产品能取得好的效果，前提是要用足量。土壤中的微生物种类繁多、数量巨大，接种的外来有益菌要形成优势菌群，需要经历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争，为了促进有益菌的繁殖需要人为创造有利于有益菌生长的条件，如改良酸化土壤，调整土壤酸碱度；增施有机肥，提高土壤物理肥力；增加微生物菌的数量等。　

3、使用时期掌握不当。多数微生物怕紫外线、高温，所以土壤表层撒施、高温强光下喷雾使用一定没有效果。做底肥、沟施、穴施、灌根使用时采取局部用肥的方法更有利于肥效的发挥。不同类型的微生物菌剂不要乱用。比如用于粪肥发酵的菌剂中主要含量嗜热菌、厌氧菌等，能够适应粪肥发酵时产生的高温环境，而使用一般的菌剂或菌肥不仅没有效果还造成资金浪费。