大多数情况下，顾问和兽医专家会建议猪场用本场繁殖的后代来更新种猪群，他们实际上对这样做的后果没有充分了解。就连育种公司有时也会建议客户自繁种猪，以便促成自己的交易。
　　
　　不可否认，自繁种猪是一条提高生物安全水平的有效措施，而且，如果处理得当，也可以有效解决种猪更新的问题。笔者的目的是想为读者指出这种做法的潜在缺陷，因为读者可能对这些缺陷并不了解。　
　　
　　自繁种母猪的好处有以下几点：
　　
　　1、不必再转进生猪，提高了生物安全。
　　
　　2、对自繁青年母猪的生产性能更容易把握。
　　
　　然而，这种做法存在缺陷，这种缺陷一方面存在于自繁青年母猪的生产过程本身，另一方面存在于自繁种猪的整个生产系统当中。
　　
　　育种公司的配种程序是经过精心设计的，这种程序能保证杂交优势最大限度地在商品猪身上表现出来，而这种杂交优势所达到的效果如果通过对特定性状进行选育来达到，可能需要多年的时间才能实现。　
　　
　　第一代F1杂交母猪所产的下一代母猪的杂交优势会丧失50％，再下一代母猪的后代还会进一步丧失33％的杂交优势。听起来可能没什么大不了的，但考虑到100％的杂交优势相当于每窝增加1.3头断奶仔猪，损失50％杂交优势就相当于母猪生命期的6胎当中少产3.9头断奶仔猪，对于一个100头基础母猪的猪场来说，就是390头仔猪。　
　　
　　上面的推算还是以公猪选种正确无误的假定为前提。这要求猪场要保存完整的记录，才能区分父母代的母猪是长白还是大白的后代。如果公猪或精液的选择过程出现失误，后代母猪的杂交优势还会进一步降低25％（1.95头断奶仔猪／生命期）。　
　　
　　当猪场资金不足的时候，自繁母猪常被视为一种廉价的生产方案。然而，考虑到自繁母猪生命期生产性能的下降、肥育阶段的损失（出栏体重下降造成的隐性的成本增加）、选种选配所需的额外人工开销、自繁母猪的遗传性能越来越落后，等等，这种方案可能最终反而会造成生产成本的增加。
　　
　　另外，自繁母猪的生产也缺乏灵活性；因为这种情况下青年母猪的选择必须提前11个月确定下来，无法迅速根据市场需要增加青年母猪头数的预算。再考虑到仔猪转为后备母猪导致生长猪减少而形成的直接损失，以及为了保障正确选种而花在公猪品系和精液方面的额外开销，这种看似省钱生产方案就不那么划算了。

　　成本分析：出栏减少一头造成的直接损失300元；选种、免疫、打耳号的人工成本34元；杂交优势的损失340元／头仔猪×3.9头＝1326元；购买公猪精液的额外开销（510元／窝，每窝选3头后备青年母猪）170元。即自繁种猪的成本达到2805元。而按目前行情，购买Ｆ1母猪的成本为2125元。两者比较，自繁种猪增加了约680元的成本（不包括隐性成本）。