菌核病油菜重要常发性病害，对油菜品质和产量影响大，一般年份减产1～2成，严重年份减产5～8成。应坚持“抓住适期，主动出击，全面用药”的防治对策，在主茎开花株率80%～100%、一次枝梗开花株率在50%左右时防治。亩用25%多菌灵可湿性粉剂150～250克，40%菌核净可湿性粉剂100～150克，50%腐霉利（速克灵）可湿性粉剂35～50克。要用足水量，亩用水量不少于60公斤，全面喷透，以提高防效；要尽量向油菜茎秆中下部位喷药，防治效果好于仅向上部喷药。
    霜霉病俗称“龙头病”，长江流域发生普遍。3月早春始病期和油菜抽薹至初花期，病株率达10%以上时用药防治。亩用70%代森锰锌100克，或69%烯酰码啉—锰锌100～130克，或66.5%霜霉威（普力克）水剂50～75毫升，或58%甲霜灵锰锌（瑞毒霉锰锌）150～175克，或64%霜锰锌（杀毒矾）可湿性粉剂120～150克等喷雾防治，阿美西达（嘧菌酯）、醚菌酯等药剂也有较好的效果。
    病毒病主要是由油菜蚜虫传播多种病毒引起的一类病害。重点在苗期防治蚜虫。一是苗床期利用银灰塑料薄膜避蚜，或利用蚜虫趋黄性，秋季苗床或移栽田每亩放黄板6～8块诱杀。二是做好药剂拌种。用辛硫磷按种子重的2%～3%药量与10%～15%的水混合均匀搅拌，堆闷8～12小时，晾干后播种。三是适时防治蚜虫。苗期或薹期百株蚜量分别达到1000头或3000头时，采用吡虫啉、啶虫脒或菊酯类等农药防治，如10%吡虫啉20克或2.5%高效氯氰菊酯2000倍液，3%啶虫脒乳油40～50毫升，50%抗蚜威可湿粉剂10～18克，2.5%三氟氯氰菊酯乳油10～20毫升等喷雾防治。