生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤，促使被土壤固定的养分释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来提高土壤固定肥料的利用。生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合某些土壤环境。