辣椒的根部病害常造成辣椒的死苗，严重者成片死亡，甚至绝收。辣椒的根部病害主要有三种，即辣椒的疫病、根腐病和青枯病。据我们调查，在辣椒根部病害中，疫病占80％、根腐病占5％、青枯病占15％～20％，而从近年的发病趋势看，青枯病所占比例上升。从发病部位来看，疫病主要在地表以上茎基部发生，初期产生水渍状病斑，扩展后呈7～10厘米的大型病斑，后期病部变黑褐，皮层软化腐烂，茎缢缩。根腐病发生在地表以下，近地表，主要是植株表皮腐烂，易剥落。青枯病则发生在根尖，造成维管束变褐。从发病条件来看，这三种病都是土传病害，靠流水传播。受土温的影响，在25℃左右发病率高。日光温室内，一般年前的9－10月份和年后的3月下旬－4月大量发生。特别是4月初，因地温回升，适宜病菌繁殖，又正值辣椒上市，此时若不浇水，则辣椒不长，而一浇水就会大量死苗。辣椒根病的防治要以预防为主，防治结合。要从育苗开始，把住各个环节，对症用药，就可收到事半功倍的效果。
　　一、育苗床土消毒处理温室辣椒9月份育苗时，地温在25～28℃，正是根部病害的发病适期，一定要做好土壤处理。育苗床土选用２年未种过茄果类菜的大田土，苗床整好后，按苗床面积每米2分别用药10准备。疫病用70％乙磷锰锌可湿性粉剂，根腐病用50％多菌灵可湿性粉剂，青枯病选用70％DT可湿性粉剂。分别按苗床面积称取药后混合，并加干细土1千克混匀，然后撒到畦面上，划锄、搂平，然后再浇水、撒种子、盖土和覆膜。这样可同时预防这三种病及苗期猝倒苗的发生。
　　二、分苗苗床的土壤处理按苗量大小整好分苗苗床，然后按米２分别配以上三种药粉10克，再与10倍的干细土混匀，撒在整好的苗床上，同样划锄、搂平，然后按株行距要求开沟，浇足水，水未渗下时立即栽苗、覆土和盖膜。
　　三、定植时按穴施药温室辣椒定植适期一般在元月下旬，定植前按每1000穴备乙磷锰锌0.5千克、多菌灵0.5千克DT0.5千克。混合后加15千克干细土混匀。定植时，将药土均匀撒入定植穴中即可，一般一把药土可撒4穴，撒好后再栽苗、浇水。
　　四、重茬地全棚施药对于重茬地块来说，相对发病较重，如有可能，最好轮作倒茬。如实在不行，一方面要深翻晒土，增施有机肥，增强植株的抗性，另一方面，进行全棚施药，提前预防。其用药品种同上，按栽培面积计算，每米2用药10克。定植前地深翻整平后，按药量加10倍的细干土，均匀撒在地平面，锄划后搂平。全棚施药对重病地块同样适用。
　　五、发病初期灌根防治每年的3月下旬－4月份，是辣椒根病的发病高峰期。此时要按辣椒的多少，用以上3种药分别按500倍量配好后灌根。有点片病株的苗及周围苗按每棵0.5千克在根部灌入药液，其余按每穴0.2～0.3千克药液灌根。10天1次，连灌2次，灌根后暂不浇水，可基本控制病害蔓延。