水质管理乃是河蚌育珠的重要环节。水质好坏关系到珠蚌的成活率和生长速度，珍珠质的沉积，珍珠的产量和质量，可见水质管理的重要性。水质管理要把握以下几个方面：
    一、培育好珍珠蚌生长必需的饵料。珍珠蚌属于软体动物的贝类，其主要饵料是水体中的浮游生物。经研究得知，主要是绿藻、硅藻、隐藻、金藻等藻类和轮虫及有机碎屑，以植物藻类为主，所以对养殖池要做到定向培育有益藻类，要具有充足的生物量。同时在养殖池水中须具有珠蚌生长必需的氮、磷、钙和镁、硅、锰、铁等微量元素，才能提高珍珠产量和质量。为此选择优质肥料才是培育珠蚌优良生态环境的重要保证。
    二、科学施肥，创造良好生态环境。珍珠蚌养殖池的水质好坏，通常以水色来判断。一般以黄褐色、黄绿色为好。珠蚌池中水的透明度控制在30cm～35cm较为恰当。
    优质肥料的选择和用量用法，具体可根据季节和养殖水的肥瘦度灵活进行。从珠蚌养殖的历史上来看，常采用鸡粪，猪粪等有机肥和化肥，而使用上述肥料易产生副作用。有机肥用量大，常常发酵分解不彻底，有过量的残渣沉积在水底，慢慢进行无氧分解，产生有毒的还原性物质，毒害了珠蚌，影响珠蚌正常生理、生长，使其抗病力明显下降。并使致病菌大量繁殖，致病菌的毒性增强，感染提高，暴发疾病，特别是每年春天时，由于水温偏低，施了过量的有机肥，不见池水很快肥起来，又追肥，常常使池底堆积大量有机肥，随着养殖期的推移，水温增高，堆积于池底的有机物加快分解，到了高温季节出现“富营养”现象。藻类繁殖过盛，有毒物质“氨氮”、“亚硝酸盐”、“硫化氢”等严重超标，珠蚌疾病迅速暴发和流行；未经发酵的有机肥常会带入寄生虫、虫卵，过多的有机肥还会造成大量纤毛虫的滋生，危害珠蚌。
    使用化肥，虽然水质肥得较快，但肥效时间较短，它们的阴离子残留于池水中，会影响水质的理化性质，影响池底的土质和结构等。高温季节时期容易促进蓝藻的生长，蓝藻是一种有毒的藻类，又污染了水质，会导致珠蚌生理紊乱，很容易发病死亡。天辰渔肥TC—3号（珠蚌肥）是一种高科的珠蚌肥料，是一种高效、长效、快速的肥料，具有适合珠蚌生长需要的营养成份和微量元素和浮游生物所需要的营养；无残留，无“三致”的环保型肥料，用量省、省成本、省人力的好肥料，通过全国近几年试用结果可得出珠蚌生长快，发病率低，珍珠产量高，质量好的优势。本品不仅有肥料的功能，还有改底、调水、解毒的功能。该肥还含有有益菌珠，具有分解底质过量有机物的功能和抑制病菌的作用。
    施肥量要根据不同李节、水质的肥瘦程度而灵活进行，，根据春季开始时水温较低，随着季节的椎移水温从低逐渐上升，珠蚌新陈代谢也日趋旺盛，珍珠质开始沉积，饵料量不断增加。4月～5月份三角帆蚌性成熟期，营养需求更大。所以，在早春3月时施足基肥，用量：一般用天辰渔肥TC—3号(珠蚌肥)4kg／亩，一次。4月～5月份，每亩施天辰渔肥TC—3号肥2kK左右，根据水质的肥瘦而定，用量亦可适当增减，灵活使用，原则上采取少量多次为好。施肥要选在晴天为好，不要施在蚌体上。高温季节同样根据水质肥瘦情况施肥，用量每亩1公斤为宜。特别注意的不要使水体中藻类生长过盛。否则藻类会耗去大量的氧气，造成严重缺氧；死亡的藻类沉降于池底腐败，不仅腐败时又耗去大量的氧气，同时产生有 毒物质污染水体造成珠蚌死亡等。采取少量多次的使用方法，不会产生应激反应，施肥亦可采用吊箩的方法，让其缓缓释放肥力，环境相对稳定。
    水质管理中还要注意清除水草和定时冲水。水苹过量生长，不仅会吸收水中大量肥素，到夜间呼吸活动时消耗大量氧气，造成水体缺氧等影响珠蚌生长。为了提高珠蚌的活力，要定时冲水，加强水体流动和提高水中的溶氧，促进珠蚌的新陈代谢。在高温季节，水质过肥情况下每亩每米水深用 EM生物菌1kg全池泼洒，降低有害物质，增加水体溶氧，降低水体有机物含量，抑制病原菌生长。
    经过精选肥料，根据不同季节和养殖的具体情况，合理使用，方法正确，逐步调节，培育出“清”、“嫩”、“爽”、“活”的水质，珠蚌养殖已经基本成功了。在此还要提出，对水质定期监测水体各项指标，作合理的调正，以防隐患。