当养殖水体底质环境恶化、藻相不佳时，应尽快应用芽孢杆菌，它可以迅速利用大分子有机物质，同时将有机物质矿化生成无机盐，为单细胞藻类提供营养，单细胞藻类光合作用又为有机物的氧化、微生物的呼吸、水产动物的呼吸提供氧气。循环往复，构成一个良性的生态循环，使池塘内的菌相达到平衡，维持稳定水色，营造良好的底质环境。在泼洒该菌的同时，需尽量同时开动增氧机，使其在水体繁殖，迅速形成种群优势。

使用芽孢杆菌前，活化工作为必需的措施。活化方法是向芽孢杆菌中添加本池水和少量的红糖或蜂蜜，浸泡4~5小时后即可泼洒，这样可最大限度地提高芽孢杆菌的使用效果。