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棉田复种后，病虫害容易交替发生，增加了棉田的农药施用量，导致直接污染。据江苏省射阳县调查，一般套种蔬菜平均用药2.7次，西瓜 2.9次，大蒜3.1次。因此，为防止或减少间套作物的农药污染，必须加强预测预报，对棉花、间套作物化学防治时，严防对瓜、菜等直接食用的作物造成农药污染。减少污染的方法：一是选用抗性强的品种。二是改单一的化学防治为主为以农业防治为主，抓住病虫害初发期量少易控制的有利时机，采用人工捕捉、捏卵、摘除病虫叶片、拔除病残株、诱杀成虫等手段，以及应用天敌和生物农药防治，达到控制病虫害发生蔓延的目的。三是改大面积喷药为重点防治，采用农药涂棉茎下部，可以防治多种刺吸式口器的害虫。四是改使用有机磷农药为高效低毒低残留农药，采用高效低毒低残留广谱的除虫菊酯类农药防治棉花害虫。五是要合理轮作，减轻病虫发生基数。此外，还要及时清除残留地膜，或推广应用可降解地膜防止污染土壤。