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移栽地膜棉因其具有生态补偿效应使棉株生长发育快、开花结铃早、生长量大，相应地也就形成了养分吸收快、吸肥高峰前移、需肥量增加的特点。据研究，在沿江沙壤土上，移栽地膜棉的产量随着施肥量的增加而增加，氮、磷、钾互作效应的极值单产的施肥量分别为每公顷纯氮358.5千克，纯磷90～120千克，纯钾364.5千克。综合江苏省各棉区高产田块施肥情况分析，每公顷产量1 500千克以上移栽地膜棉的适宜施肥水平为纯氮375～450千克，纯磷90～120千克，纯钾225～300千克，缺硼、锌的田块还要分别施7.5～15千克硼肥或锌肥。

科学施肥是移栽地膜棉高产的重要保证，为了充分挖掘移栽地膜棉的增产潜力，扬长避短，针对“早、快、多、长”和蕾期易旺长、后期易早衰的特点，与露地棉相比，在施肥策略上应作重大改革，即由原来露地棉的“施足基肥，巧施苗蕾肥，重施花铃肥，补施盖顶肥”策略改为“增肥后移，施足基肥，早施、重施花铃肥，普施盖顶肥”。比较两者之间的差别主要表现在以下几个方面：一是施肥量上，移栽地膜棉增肥要求每公顷施氮量比露地移栽棉增加37.5千克以上，总氮量达300千克以上。增肥后移，即在前后比例上的区别，移栽地膜棉要求前后比为3：7，而露地移栽棉为4：6。即移栽地膜棉保证前期施肥绝对量基本不少，增加肥料主要用于增后劲，防早衰。二是在施肥次数上，移栽地膜棉强调在足施基肥的基础上，再利用自身供肥能力强的特点省去了露地移栽棉的苗蕾肥，这样既可满足生长所需的无机营养又便于控制旺长。在花铃肥施用上两者都强调了一个“重施”，但移栽地膜棉还强调了一个“早”字，同时将花铃肥由原来露地移栽棉的一次重施改为两次施用。三是在时间上，露地移栽棉要求在棉株下部结住1～2个大桃时施用，而移栽地膜棉要求第一次花铃肥早施，即在初花时施用，比露地移栽棉提前7～10天，这刚好与移栽地膜棉生育转化相吻合。第一次花铃肥强调有机无机相结合或用包膜复合肥，用量占总氮量的25％～30％，并追施150～225千克的氯化钾。第二次在结铃始盛期，一般在7月下旬，用量占总氮量的30％。花铃肥分两次既满足了开花结铃早的需要，也满足了结铃峰期长和成铃多的需要。四是在盖顶肥施用上，将原露地移栽棉的补施改为普施，用量占10％～15％，时间在8月中旬。这有利于移栽地膜棉多结铃，克服“早衰”的缺点，又有利于增加铃重提高品质。