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一般稻套麦田对草害的发生较为有利，杂草发生早、基数大，草害比常规耕翻及少耕机条播麦田为重，尤其是单子叶杂草为害较重。水稻离田前后，农活最为集中，麦田化除往往容易忽视。此外，套播麦杂草萌发较早，收稻后再用药，草龄已大，防治效果降低。因此，必须在水稻刚收获后趁墒情适宜时套药化除，在套种套肥的同时，用绿麦 (黄)隆拌毒土撒施或对水喷雾。如果出草迟或错过了套药适期，可于收稻后麦苗1叶1心期使用绿麦(黄)隆拌毒土撒施或对水喷雾。若杂草基数仍较高，、早春用膘马等防除有较好的补救作用。另外，由于稻套麦稻桩没有耕翻入土，田间菌源残留基数大，发病率往往高于常规种麦，加上套播麦早发优势强，郁闭封行早，田间湿度大，有利于各种病菌的发生和蔓延。因此，对麦类常发病害，特别是纹枯病、赤霉病和白粉病，要通过种子处理和药剂主动出击，全面防治，以把产量损失降低到最低限度。