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众所周知，一个成功的专家系统能模仿人类专家对某些复杂问题进行推理、判断和决策的过程，完成只有专家才能完成的高级任务。和模拟方法不同的是，专家系统所处理的对象不是具体数据，而是人类总结出来的经验和知识等。

专家系统技术有以下优点：①具有近似人类思维的知识表达方式，问题求解的技巧和“友善”的人机界面；②具有知识更新、扩充和解释的功能，易于被用户接受；③适用于一些机理尚未弄清、易于定性而难以定量的问题。但另一方面，这种技术也有其局限性：①难以统一不同专家对同一问题看法的不一致性；②普适性差，特别是农业气象问题具有较强的地域性，基于某个地区农气专家经验的专家系统，拿到气候条件相差较大的其他地区去应用，一般都效果欠佳；③对于一些人类专家未曾经历过的新问题，如全球气候变暖、臭氧层空洞等，显得无能为力。但模拟方法并不存在上述问题。因此，将模拟方法与专家系统技术结合起来，优势互补，相益得彰，是农业决策研究中的一种有效方法。

在这一研究领域，较成功的例子是美国农业部研究服务中心研制的棉花生产管理系统(GOSSYM／COMAX)；GOSSYM是一种机理性很强的棉花生长模拟模型，它以上壤理化性状和肥水供应为初边条件，以温、光、降水和太阳辐射等气象要素为驱动变量，以施肥和灌溉等农艺措施为控制变量，以值株碳、氮平衡和热量、水分平衡为理论根据，可以模拟在不同土壤、气候和栽培条件下，棉株的光合作用、呼吸作用、蒸腾作用、干物增长、形态发育和产量等。而COMAX则是由美国农业部和密西西比州立大学联合开发的一种专家系统，即棉花综合管理系统。两者结合之后，整个系统可根据模拟的结果，结合专家的经验，对棉花的长势及环境进行监测，提供棉花管理的咨询服务。