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变异的表现是多种多样的，但对人类的用途是不同的，从这个意义上说，变异只有两类，一类是正向变异，正向变异是指对人类有益的变异；另一类是负向变异，指那些对人类不利的变异。人类一直都在积极地寻找、发现和利用正向变异，我们熟知的白色金针菇的数个品种，都是从黄色种的变异个体中选育出来的。对于菌丝细胞的自然变异，需要仔细观察和系统实验。从自然变异中选育优良品种一般需较长的时间。

比较显著的自然突变，常是很好的育种材料，多年来，国内外科技工作者已经从人工栽培中发现了金针菇的白色突变株，金针菇白色菌株中的回复突变株黄色菌株，糙皮侧耳的黑色突变株和白色突变株，木耳的抗霉突变株等。人们还在湖北发现了糙皮侧耳的野生自然突变无孢菌株。这些突变株，经过科学工作者的系统筛选、检验检测，不少已成为生产用菌株，为生产者带来了可观的经济效益。