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在其他防治病虫害措施失败后，最后可用化学农药，但尽量少使用农药，尤其是剧毒农药，大多数食用菌病原菌也是真菌，使用农药也容易造成食用菌药害。其次是食用菌子实体形成阶段时间短，在这个时期使用农药，未分解的农药易残留在菇体内，食用时会损坏人体健康。在出菇期发生虫害时，应首先将菇床上的食用菌全部采收，然后选用一些残效期短，对人畜安全的植物性杀虫剂，可用500～800倍的菊酯类农药防治眼蕈蚊、瘿蚊。用烟草浸出液稀释500倍喷洒防治跳虫。食用菌栽培中发生病害时，要选用高效、低毒、残效期短的杀菌剂，常用的甲醛，可对培养料和覆土用 5％的药液，每立方米用500毫升喷洒，并用塑料薄膜覆盖闷 2天。甲醛还可作为熏蒸剂，每立方米空间用10毫升加热蒸发，杀死房间砖缝、墙面上的各类真菌孢子。其他常用的消毒剂还有石碳酸、漂白粉、生石灰粉等。