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利用生物或生物代谢产物米防病治虫。生物防治在农业上已广泛应用，在食用菌上应用起步较晚，但其应用前景是很好的，因为生物防治没有残毒，不污染环境，对人体无损害，长期使用无副作用。

目前生物防治在食用菌应用的形式是以生物代谢的提取物应用为常见，如用200毫克／升的链霉素防治革兰氏阳性细菌引起的病害，用200毫克／升的金霉素防治细菌性腐烂病。

利用天敌以虫治虫方面应用尚少，但这方面亟待进行探索，例如用寄生蜂、寄生蝇防治其他害虫的为害具有极广阔的前景。利用生物制剂防治害虫已有较广泛的应用，如苏云金杆菌制剂防治螨类、蝇蚊、线虫取得较好的效果。用植物制剂如鱼藤精、烟草浸出液、菊酯类农药等对许多食用菌害虫具有理想的防效。