可分为鳞茎和地上茎两部分。

1．鳞茎 百合鳞茎为无被鳞茎，是养分的贮藏器官，其大小因种类而异，小者100克以下，大者200一300克。鳞茎有宿根越冬、越夏习性，能够连续生长两年到多年。鳞茎又可分为母鳞茎和子鳞茎两类。

(1)母鳞茎 是一株完整百合地下部分鳞茎的总体，由2—10个子鳞茎聚合而成。

(2)子鳞茎 是由茎底盘上腋芽分化生长而成的新鳞茎个体。鳞片呈螺旋式排列，层层叠合，着生于鳞茎盘上，由数十片鳞片抱合而成为一个小鳞茎。

一般鳞茎由鳞片和鳞茎盘组成：鳞茎盘为极缩短的茎呈圆盘状，具有贮藏养分，发生根系，着生和支持鳞片，分生子鳞茎的功能，鳞茎盘的顶端生长点能抽出地上茎，等它生长到一定程度后，鳞片相继衰萎，地上茎开花结实。同时，鳞茎盆四周的腋芽相继分生成2—6个缩短茎，其四周亦形成数十片地下鳞片，并利用地上部茎叶制造光合产物，形成子鳞茎，多个子鳞茎聚合成母鳞茎，即为经济收获部分。

2．地上茎 分伸长茎与变态茎两种。

(1)伸长茎 由母鳞茎短缩茎的顶芽伸长，长出地面而成。一般惊蛰至春分出苗，立夏前后停止伸长，茎粗1—2厘米，高可达100一130厘米，不分枝，直立坚硬，表面光滑或有白色茸毛，茎基微紫色。百合茎必须经历两个长光照周期后，花芽才能分化。

(2)变态茎 地上伸长茎不生分枝，有的着生在地上茎的叶腋问。能产生圆珠形紫褐色“球芽”，或称“珠芽”或“百合籽”。有的着生于地上茎入土部分，如温度和湿度适宜、在茎节上还可生出白色“小鳞茎”，称为“仔球”。球芽及小鳞茎均可作为繁殖材料。